Od lewej gąbka filtracyjna w bloku, kłębki włókniny, rolka waty filtracyjnej.

Filtracja mechaniczna w akwariach morskich ma nieco inną specyfikę niż w akwarystyce słodkowodnej. Z uwagi na to, że ruch wody w akwariach morskich jest nawet kilkanaście razy większy to zanieczyszczenia, jak np. osady i odchody w większości ulegają rozpuszczeniu w wodzie. Jednak nie przeszkadza to w tym, żeby je odfiltrować mechanicznie z wody.

Filtracja mechaniczna w sztucznych zbiornikach słonowodnych odbywa się na dwa główne sposoby. Pierwszym z nich jest odpienianie. Temat został opisany dosyć dobrze w oddzielnych artykułach do których linki znajdują się poniżej:

Jak działa odpieniacz? (kliknij, aby przejść)

Odpieniacz montowany wewnątrz zbiornika - jaki wybrać? (Kliknij, aby przejść)

Drugą metodą jest filtrowanie wody przez włókninę i watę filtracyjną (gąbek w akwarystyce morskiej się nie stosuje a właściwie nie powinno się stosować ale o tym za chwilę). Włóknina i wata filtracyjna to dwa różne materiały, które akwaryści często ze sobą mylą używając tych pojęć zamiennie. Otóż włóknina to kłębek splątanych ze sobą cieniutkich sztucznych włókien, które wyglądają jak ludzkie włosy, natomiast wata filtracyjna jest drobniejsza, bardziej puszysta i występuje nie w kłębkach a w płachtach. Podstawową różnicą między tymi mediami filtracyjnymi a gąbkami jest taka, że zarówno wata filtracyjna jak i włóknina są mediami jednorazowego użytku, podczas gdy gąbki - wielokrotnego użytku. Zużytą watę czy włókninę należy wyrzucić i wymienić na nową tymczasem gąbki się czyści i ponownie użytkuje. Z tego względu zarówno wata filtracyjna jak i włóknina są mediami znacznie tańszymi od gąbek. W akwariach morskich do filtracji mechanicznej używa się rollermata, który posiada przewijaną rolkę waty filtracyjnej. O tym urządzeniu również na portalu znajduje się osobny artykuł, do którego odsyłamy poniżej.

Rollermat - jakie przynosi korzyści? (kliknij, aby przejść)

Natomiast w sumpie, w panelu filtracyjnym, w filtrze kaskadowym czy nawet w filtrze wewnętrznym dedykowanym do akwarium morskiego można stosować włókninę lub watę filtracyjną jako pierwsze medium filtracyjne, które ma za zadanie wstępnie oczyścić wodę mechanicznie. Sprzęty te powinny mieć swobodny dostęp do tego medium aby można było w szybki i prosty sposób sprawdzić poziom zabrudzenia takiej waty czy włókniny i szybko ją wymienić. Z tego względu wewnętrzne filtry do akwariów morskich mają zwykle górny wlot wody (powierzchniowy) gdzie umieszcza się łatwo dostępną włókninę lub watę, które czasami dosyć często się wymienia - nawet co 2,3 lub 4 dni. Z tego względu bardzo nie praktyczne są filtry kubełkowe w systemach morskich, gdyż zastosowanie w nich waty lub włókniny będzie się wiązać z częstym otwieraniem takiego filtra żeby wymienić watę bądź włókninę. Z pozoru wydawać by się mogło, że sprawę załatwiła by zamiana np. waty filtracyjnej na gąbkę. Jednak byłoby to posunięcie bardzo złe, gdyż gąbki zbierając zanieczyszczenia oczywiście zatrzymywały by różne osady organiczne ale procesy gnilne zachodzące wewnątrz gąbek powodowały by wzrost azotanów i fosforanów w akwarium słonowodnym co jest zjawiskiem bardzo niepożądanym. Z tego właśnie względu nie powinno się używać gąbek w akwariach morskich - chyba, że należałoby je płukać co 2-3 dni lub wymieniać na zupełnie nowe ale to oczywiście byłoby bardzo pracochłonne lub kosztowne.  Akwaria z wysokimi wartościami azotanów i fosforanów nie dałyby się zbalansować, powodując notoryczne problemy z glonami w zbiorniku i zaburzeniami funkcjonowania koralowców, z których większość zaczęła by zamierać.