Probiotyki to żywe kultury mikroorganizmów, które podawane w odpowiedniej ilości (zwykle doustnie) wywierają korzystny wpływ na zdrowie gospodarza. Mikroorganizmy te działają pozytywnie na układ pokarmowy i są w stanie go skolonizować (zwłaszcza jelito grube). Probiotyki to głównie żywe kultury bakterii ale zaliczyć do nich można także inne mikroorganizmy jak glony czy grzyby. Całkiem nie dawno pojawiły się w sprzedaży pokarmy akwarystyczne zawierające dodatek probiotyków. Wspomagają one procesy trawienia, regulują działanie przewodu pokarmowego, wzmacniają odporność. Działają zabójczo na niektóre patogeny jak np. bakterie gram-dodatnie. Wpływają także na pobudzenie działania układu limfatycznego, dzięki czemu wzmaga się produkcja komórek układu odpornościowego (limfocytów). Uważa się, że przy prawidłowej diecie dodatek probiotyków przyczynia się do redukcji zachorowań ryb na bloat i innego rodzaju problemy natury żywieniowej jak np. wzdęcia, niestrawność, zaparcia, niedrożność jelit, stany zapalne itp. Najczęściej w pokarmach akwarystycznych używa się bakterii - Bacillus subtilis, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus lactis, Streptococcus termophilus, grzybów - Sacharomyces cerevisiae, Sacharomyces exigous oraz glonów Phaffia rhodozyma. Pokarmy z dodatkiem probiotyków powinny być stosowane u ryb o ukształtowanej florze bakteryjnej (ryby dorosłe lub młode ryby wchodzące w fazę dorosłości).