Siarkowodór (H2S) jest gazem wysoce trującym dla zwierząt akwariowych. Zatrucie siarkowodorem u ryb wywołuje ich znaczne osłabienie, ospałość a przy dużych stężeniach zejścia. Gaz ten wytwarza się w warunkach beztlenowych, a więc w miejscach, w których nie ma dostępu tlenu. W akwariach są dwa potencjalne miejsca o takim charakterze. Pierwszym z nich jest podłoże. Zbyt gruba warstwa podłoża, jeżeli nie jest wzruszana przez zwierzęta akwariowe lub nawet drobne organizmy to jest zazwyczaj podatna na tworzenie się w niej siarkowodoru. Czasem przez szybę poniżej linii podłoża widać ciemne pęcherze gazowe, które są właśnie siarkowodorem. W zapachu gaz ten przypomina zgniłe jaja. Tworzy się w podłożu, w którym nie cyrkuluje woda i w którym są jednocześnie związki organiczne (białka). Aby temu zapobiec należy stosować w akwariach standardowe grubości podłoża do ok. 7-8 cm z domieszką żwiru, w którym dobrze cyrkuluje woda. Innym rozwiązaniem jest posiadanie zwierząt przekopujących podłoże, jak np. ślimaki świderki (Melanoides Tuberculata). W przypadku podłoża piaszczystego istniej wiele zwierząt wzruszających podłoże jak np. kiryski, piskorki, niektóre pielęgniczki czy babki słodkowodne. W przypadku substratów i podłoży dla roślin sprawę załatwia sama roślinność, której korzenie wyciągając substancje organiczne z podłoża, zapobiegają tworzeniu się siarkowodoru. Natomiast w akwariach słonowodnych również dostępne są ślimaki przekopujące podłoża jak np. Babylonia spp. oraz ryby takie jak wargatki, mandaryny czy np. babki kopiące.
Drugą możliwością kiedy H2S może znaleźć się w wodzie jest zatrzymanie filtra na co najmniej 10-12 godzin w wyniku jego awarii lub braku prądu. Po tym czasie w trakcie braku dopływu wody z tlenem do filtra, następuje skonsumowanie całego dostępnego tlenu we wkładach biologicznych filtra i wytwarzanie się siarkowodoru. Prawidłowe postępowanie w takiej sytuacji przy braku prądu powinno polegać na natychmiastowym otworzeniu filtra kubełkowego, tak aby woda w nim miała dostęp do powietrza i mniej więcej co 1,5-2 godziny należy wymienić w nim wodę na świeżą z akwarium. Tym sposobem nie dopuści się do wytworzenia siarkowodoru aż do momentu ponownego włączenia energii. Oczywiście w tym zabiegu umrze znaczna część bakterii filtracyjnych, dlatego zaraz po włączeniu filtra należy je uzupełnić poprzez podanie preparatu z bakteriami wprost do wkładów filtra.